İkinci Ninja Savaşı sırasında Konoha tarafından yok edilen Gökyüzü Ülkesinin hayatta kalan üyeleri uzun zaman sonra güçlerini arttırarak Konohaya saldırılar. O sırada orada bulunan gizemli doktor Shinou sayesinde birçok yaralı ölümden kurtulur. Ancak Shinounun öğrencisi Amarunun köyü tehlikededir. Bu yüzden Tsunade; Narutonun, Sasukenin ve Hitananın doktor ile Amaruya eşlik etmelerini ister. Köye vardıklarında köyün harabeye döndüğünü görürler. Bu sırada gerçekleşen saldırı sırasında Shinoui, Amaruyu kurtarmak için önüne atlar ve vücuduna saplanan kunailer yüzünden can verir. Ancak kısa zaman sonra bunun bir oyun olduğu ortaya çıkar. Shinou gerçekte kimdir ve ne istemektedir?